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 Fondé en 1545 l'Orto Botanico de Padoue est le plus ancien Jardin Botanique Universitaire du monde à avoir conservé son siège originaire et avoir gardé presque inaltérée la structure. Il fut crée sur décret de la République de Venise sur sollicitation de l'école de médicine de l'Université de Padoue pour cultiver les plantes médicinales qui constituaient à l'époque la plupart des "simples", c'est à dire les médicaments qui venaient directement de la nature. Pour cette raison les premiers Jardins Botaniques s'appelaient Jardins des Simples (Hortus Simplicium). A l'époque il y avait une grande incertitude sur l'identification des plantes utilisées en thérapie par les célèbres médecins du passé ; les erreurs et les fraudes étaient fréquentes, ce qui causait des dommages très graves à la santé publique. L'institution du Jardin aurait donc aidé les étudiantes de l'Université à reconnaître les véritables plantes médicinales. Premier « gardien » du Jardin fut Luigi Squalermo dit Anguillara, qui fit planter un grand nombre de plantes (environs 1800).
A cause de fréquents vols pendant la nuit, un mur d'enceinte fut bâti autour du jardin, qui co ntinua à être enrichi de plantes qui venaient du monde entier, surtout des pays où la République de Venise avait des possessions ou des échanges commerciaux. Pour cela Padoue a joué un rôle fondamental pour l'introduction et l'étude de beaucoup de plantes exotiques. Le jardin a été témoin de l'évolution de la Botanique, de science appliquée à la médicine, jusqu'au branches actuelles.
A coté du Jardin, ont été bâtis la bibliothèque, l'herbier et plusieurs laboratoires, en dépit parfois des serres. Aujourd'hui, le jardin s'étend sur environs 3 hectares et demi et on a déjà prévu son agrandissement. Tout comme d'autres institutions similaires italiennes et étrangères, le Jardin développe une importante activité didactique et de divulgation, des activités de recherche et s'intéresse de la conservation des espèces rares et menacées. A partir de 1997 le Jardin Botanique a été déclaré Patrimoine Mondial de l'Humanité par l'UNESCO.
En juillet 2002 le Jardin est devenu Centre Autonome de l'Université, géré par un Préfet et un Comité Technique Scientifique. Conçu par Daniele Barbaro, noble vénitien, ambassadeur de la République Sérénissime et homme de grande culture, le projet du Jardin fut confié au meilleur architecte actif à Padoue vers la moitié du XVI siècle, le bergamasque Andrea Moroni, qui a travaillé aussi pour la reconstruction de la Basilique de Sainte Justine, l'Hôtel de Ville et l'Université. Le Jardin n'avait pas été conçu seulement comme lieu où cultiver, acclimater et montrer les plantes, mais aussi comme monument. Le signe architectonique le plus évident est la perfection du cercle où est inscrit un carré divisé en quatre parties par deux allées orthogonales, orientées selon les points cardinaux. Chaque quart du carré est composé de 250 petites sections, dans lesquelles on cultive plusieurs espèces, créant quatre formes géométriques différentes et élégantes. À la fin du XVI siècle on ajouta les fontaines alimentées par un gigantesque hydrophore avec roue, qui garantissait aussi l'irrigation.
 Entre le XVII et le XVIII siècle fut réalisé l'édifice principal, tandis que les quatre portes d'entrée avec les grandioses acrotères de rouge ammonitique qui soutiennent des plantes en fer battu sont de 1704. Au cours de la première moitié du XVII siècle on ajouta une balauste en pierre d'Istrie tout au long du périmètre extérieur, sur la quelle on colloqua des pots et des statues de personnages illustres, les statues de Théophraste (porte Sud) et de Salomon (porte est), la fontaine des quatre saisons avec les quatre statues en marbre de Carrare du XVIII siècle.
Dans le Jardin se trouvent trois cadrans solaires : un de forme cubique, un en sphère et un cylindrique. Dans la zone à l'extérieur du mur circulaire se trouvent l'Arboretum, d'importantes collections de plantes à sujet écologique, une collection de plantes introduites pour première fois en Italie (certaines aussi en Europe) par le Jardin de Padoue, les serres (orangeries et serres tropicales, orchidées et fougères), un "théâtre botanique" réalisé au cours du XIX siècle, où se tenaient les cours. Dans le jardin sont cultivés environs 6000 plantes. Grâce à l'Index seminum, le jardin a un important échange avec 8000 Jardins Botaniques des cinq continents.
La plante la plus ancienne est un palmier de St. Pierre (Chamaerops humilis var. arborescens) planté en 1585. Il est connu aussi comme "Palmier de Goethe" car le poète allemand, après l'avoir étudié en 1786, expliqua son intuition sur l'évolution dans son essai de 1790 sur "La Métamorphose des plantes". Dans le Jardin sont cultivées des espèces botaniques, étudiées pour en garantir la survivance. Très intéressants aussi les secteurs des plantes médicinales, vénéneuses et insectivores, entre les plus complets d'Europe.
Dans la bibliothèque se conservent d'anciens herbiers, de textes scientifiques, de précieux livres illustrés à aquarelle où trempe, beaucoup desquels sont exemplaires uniques.
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