 La fundación de la Universidad de Padua encuentra sus raíces en los procesos históricos que interesaron la Europa occidental durante el primer y el segundo siglo después del año mil y que llevaron a la ampliación del conocimiento y al renovamento de sus contenidos, con el impulso de las transformaciones económicas que estaban cambiando la imagen del viejo continente y ponendo las bases para el lento paso de la Edad Media al Renacimiento. Formada en la translatio studii, es decir, con el mudarse espontáneo de un grupo de profesores y de estudiantes procedentes de la Universidad de Bologna (fundada alrededor de 1088 y reconocida oficialmente como Alma Mater de todas las Universidades occidentales), la Universidad de Padua celebra en 1222 el año oficial de su fundación. A aquella época remontan los primeros documentos relativos al Studium Patavinum, que registran una regular y estable organización universitaria, publicamente reconocida. En el antiguo lema del Estudio "Universa Universis Patavina Libertas" se encierra la peculiaridad de la Universidad de Padua, es decir, la gran libertad académica concedida a los profesores y los estudiantes y las felices condiciones de civil cultura que favorecieron su constitución. La Universidad hasta sus orígenes, gozó de particular tutela garantizada antes por la libre Municipalidad durante el siglo XIII e después por la Señoría de los Carraresi en el siglo XIV y por la República de Venecia a partir de 1405 hasta finales del siglo XVIII. Afirmandose inicialmente como centro de los estudios jurídicos y teológicos, el Estudio se amplió progresivamente también hacia otras disciplinas entre las cuales la medicina, la filosofía, la astronomía, la gramática y la retórica.
En 1399 la Universidad fue dividida en dos sectores: la Universitas Iuristarum en la que se cultivan derecho civil y derecho canónico y la Universitas Artistarum, que comprende medicina, filosofia, teología, gramática, retórica y astronomía. La reunificación de las dos universidades tuvo lugar en 1813.
Inicialmente la Universidad fue organizada como libre corporación de estudiantes y articulada según criterios étnico-geográficos, las naciones, que a su vez tomaban referencia de dos grandes grupos: citramontani (o italianos) y oltramontani (no italianos); por lo tanto eran los estudiantes que aprobaban los estatutos y que elegían los profesores, pagandoles con el provecho de las colectas. Durante todo el siglo XIV los Señores de Carrara protegieron la Universidad y no obstaculizaron los estatutos de autonomía y de libertad, favoreciendo el aflujo de estudiantes de toda Europa y llamaron como profesores en el Bo' los mejores profesores. Favorecieron el aflujo de estudiantes de toda Europa y llamaron como profesores en el Bo' los mejores, favoreciendo también su estancia en Padua, llamándole a formar parte de su Cancillería y considerandole como familiares. Obtuvieron con la Bola de Papa Urbano V en 1363 la facultad de teología en la Universidad, facultad que en aquel tiempo existía sólo en la Sorbona y en Bologna. Sin embargo, fue durante los siglos XV y XVI que la Universidad de Padua adquirió una fama internacional beneficiando sobre todo del extraordinario clima de libertad y tolerancia religiosa favorecido por la República de Venecia, de la que Padua dependió de 1405 a 1797.
 El siglo XVI fue un siglo de oro para la Universidad Patavina, que llegó a ser uno de los lugares más prestigiosos para el estudio en Europa, punto de excelencia de la cultura humanísta y renacentista. Nace y se prefecciona en este siglo la idea-estructura de Gymnasium Omnium Disciplinarum, hoy en día difundida en todo el mundo. En este periodo se coloca la gloriosa contribución del Gymnasium de Padua al nacer de la revolución científica. Contribuyeron el desarrollo del pensamiento filosófico, las grandes escuelas de anatomía y medicina, y la gran adventura astronómica, física y matemática. El siglo se abre y se cierra con dos nombres excelentes, Copérnico y Galileo, registra la realización del complejo de edificios conocidos con el nombre de Palacio del Bo, sede histórica y antigua de la Universidad, del Teatro Anatómico y del Jardín Botánico.
Estudiantes procedientes de toda Europa eran llamados por la fama de la enseñanza y del espíritu de tolerancia asegurado por Venecia. A partir de la segunda mitad del siglo XVII y durante todo el siglo XVIII el papel de la Universidad de Padua se renova en el interior de la gran red cultural y universitaria europea y se desarrolla utleriormente con la fundación del Observatorio Astronómico
y con la istitución de nuevas cátedras (Química y Agraria).
Con la fin de la República de Venecia y los sucesivos acontecimientos políticos hasta la unificación de la nación italiana (1866) la Universidad desarrolla muy bien su papel regional a pesar de los condicionamientos a las libertades intelectuales y al reducido sostén por parte del  gobierno asbúrgico.
Durante el siglo XIX estudiantes y profesores de Padua participan numerosos en las luchas del resurgimiento para la independencia, también a través de insurrecciones locales (febrero de 1848). Durante la segunda guerra mundial se destaca como centro del Véneto en la lucha de liberación en contra del nazismo y al final de la guerra la Universidad recibe la Medalla de oro al valor militar para el sacrificio de muchas jóvenes vidas en la lucha para la reconquista de la libertad.
Hoy en día la Universidad de Padua ocupa uno de los primeros puestos entre las Universidades italianas de mayor prestigio, ha impostado una política de articulación y difusión territorial ampliando su presencia en Véneto y a partir de 1995 tiene estatuto autónomo.
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